Al reverendo Francesco Capodieci, architetto e matematico, protagonista della conversione di Mesagne da città-fortezza a città barocca e che, già aveva progettato la Chiesa Matrice, fu affidato il progetto della Chiesa di Sant’Anna. Il reverendo definì il sito dando ordine di demolire alcuni immobili presenti, tra cui un tratto di mura, per far posto al nuovo monumento e alla piazza che lo ospita. Furono nominati esecutori i maestri Giuseppe Armiento di Oria e Giovanni e Donato Cino, mentre la parte scultorea fu eseguita da Giuseppe Cino e Pietro Elmo.

La Chiesa, testimone del barocco leccese, presenta un esterno più fastoso e un interno ben studiato e distribuito, ma più semplice. Sulla facciata, articolata di due ordini simmetrici, spicca un frontone curvilineo datato 1699 e il portale, in tufo di carparo, si adorna di capitelli guarniti di testine di putti. Nell’interno, sviluppato su una sola navata, si trovano i due matronei con le rispettive nicchie, due cappelle con altari e capitelli uguali a quelli esterni. Ai lati dell’altare maggiore, che raffigura la Natività con Sant’Anna e San Gioacchino, si aprono porte che conducono alla sagrestia e al palazzo baronale. Si aggiungono l’altare della Crocifissione con San Francesco e Santa Caterina da Siena e quello della Deposizione. Le tele sono seicentesche e sono state restaurate nel 2000. Tra le statue presenti, il busto di Sant’Anna con Maria bambina e Sant’Anna che istruisce Maria, San Cosma e Damiano, la Dormizione della Vergine e Cristo morto.